小智、皮卡丘、長尾怪手終于到達(dá)神奧地方。小智在打電話給大木博士的途中遇到了火箭隊(duì)的突襲而同皮卡丘失散，便與長尾怪手立刻出發(fā)尋找皮卡丘的身影；另一方面，新人訓(xùn)練家小光的媽媽彩子曾是頂尖協(xié)調(diào)訓(xùn)練家，小光亦想成為頂尖協(xié)調(diào)訓(xùn)練家，于是由雙葉鎮(zhèn)出發(fā)展開路程。在其后，小智的同伴小剛歸隊(duì)，二人邂逅了小光。自此，三人一同結(jié)伴旅行。 幾經(jīng)辛苦，小光終于集齊5枚緞帶徽章，她在神奧華麗大型慶典表示出色，首次參加便晉級至決賽，但在決賽以稍微差距敗于好友小望；小智亦集齊8枚徽章，他在神奧聯(lián)盟有好開始，在第1回戰(zhàn)打敗尚志，第2回戰(zhàn)打敗某女路人，第3回戰(zhàn)(16強(qiáng))打敗考平，8強(qiáng)更打敗真司，可是他無法勢如破竹而在準(zhǔn)決賽慘敗于達(dá)克多，4強(qiáng)出局。 神奧之旅隨著神奧聯(lián)盟結(jié)束而來到尾聲，小智及小剛曾邀請小光一同前往關(guān)都地方，但小光因卷卷耳被邀請而不能前來，當(dāng)天日落，小智在碼頭上和小光以最后一次擊掌道別，與皮卡丘及小剛乘船返回關(guān)都地方。翌日日出后，小智和小剛回到關(guān)都地方，在往真新鎮(zhèn)及尼比市的分叉路口，小智和小剛握手及互相祝福對方后正式告別。小智和皮卡丘終于看見真新鎮(zhèn)，他們【men】跑進(jìn)返回真新鎮(zhèn)前的最后一段路，神奧之旅正式劃上句號。