故事發(fā)生在被天空之壁分為三區(qū)塊的《幪面超人BUILD》的世界，竟然出現(xiàn)了《幪面超人EX-AID》世界的敵人怪人崩源體：為何不該出現(xiàn)在這的敵人會(huì)來(lái)到這世界？面對(duì)神秘?cái)橙硕翢o(wú)應(yīng)對(duì)方法的戰(zhàn)兔【tù】，一個(gè)身體半邊被金屬覆蓋的神神秘男人出現(xiàn)在他眼前。自稱科學(xué)家的男人啟動(dòng)了巨大的機(jī)器，上空竟出現(xiàn)了倒立的另一個(gè)世界。另一邊，EX-AID的世界也發(fā)生同樣的狀況。有天空之壁的世界正逐漸的墜落到EX-AID的世界，距離兩個(gè)世界沖突碰撞的時(shí)間還剩下24小時(shí)。世界末日的倒數(shù)開(kāi)始…！面對(duì)前所未有的危機(jī)，能拯救人類的只有那群戰(zhàn)士。凌駕前作的規(guī)模，前所未見(jiàn)的動(dòng)作場(chǎng)面，不該有交集的英雄們終于相遇。謎團(tuán)重重的故事即將解開(kāi)——